Na Ústavu organické technologie je možné studovat v doktorských studijních programech:
Absolvent doktorského studia získává titul doktor (Ph.D.) užívaný za jménem.
Náplň výuky a výzkumná problematika se prolínají s řešením grantových projektů, výzkumných záměrů a širokou spoluprací s průmyslem.
V doktorském studijním programu je možné studovat formou prezenční (denní studium) nebo kombinovanou (při zaměstnání). Studenti prezenční formy studia mají veškeré výhody studentů základního studia (možnost ubytování na vysokoškolských kolejí, menza, apod.) a zpravidla dostávají stipendium stanovené podle stipendijního řádu Fakulty chemické technologie.
Obhájené disertační práce je možno shlédnout v repozitáři.