Navazující magisterské studium trvá zpravidla dva roky, je ukončeno státní zkouškou a obhajobou diplomové práce a jeho absolvent získává titul inženýr (Ing.) užívaný před jménem. Na Ústavu organické technologie je možné studovat ve studijních programech:
- Chemické technologie - specializace Technologie organických látek a chemické speciality
- Syntéza a výroba léčiv - specializace Výroba léčiv
Obhájené diplomové práce je možno shlédnout v repozitáři.